3ª Geração (2002 - 2006)

3ª geração:

 Entretanto, desde 2003, a Nintendo não renova a licença para a Hasbro e lançado em seu próprio jogo.

Em 2003, os jogos Pokémon Ruby & Sapphire são lançados para o Game Boy Advance. Nessas versões existe uma nova região chamada Hoenn e 135 novas espécies de Pokémon (de Treecko a Deoxys), o que elevou o total a 386 Pokémon. Ele incorporou o conceito de equipe batalhas 2 vs 2, concursos e Pokémon Pokéblock (Pokébloco em português) e novas habilidades especiais.

A série de cartões em 2003, foi publicado pela própria Nintendo, pode ser lido como uma banda com um cartão magnético especial e-Reader, um leitor de cartão que pode ser inserido no Game Boy Advance como um cartucho normal.

Em outubro de 2004, foi colocado à venda o jogo Pokémon FireRed & LeafGreen, ser um remake dos primeiro jogos, Pokémon Red & Blue. O jogo faz parte da terceira geração, devido aos movimentos do Pokémon, itens e outros recursos foram incorporados.

Em 2005 foi lançado Pokémon Emerald. Ao contrário de Ruby e Sapphire, em Pokémon Emerald é existem duas equipes inimigas (Água e Magma), e os novos desafios, como a Battle Frontier (Batalha da Fronteira).

Em 2005 foi lançado Pokémon Dash, que foi um dos primeiros jogos da série para o Nintendo DS.